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Bayesian hierarchical modeling for signaling pathway inference from single cell interventional data

机译:用于信号通路推断的贝叶斯分层建模   单细胞介入数据

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摘要

Recent technological advances have made it possible to simultaneously measuremultiple protein activities at the single cell level. With such data collectedunder different stimulatory or inhibitory conditions, it is possible to inferthe causal relationships among proteins from single cell interventional data.In this article we propose a Bayesian hierarchical modeling framework to inferthe signaling pathway based on the posterior distributions of parameters in themodel. Under this framework, we consider network sparsity and model theexistence of an association between two proteins both at the overall levelacross all experiments and at each individual experimental level. This allowsus to infer the pairs of proteins that are associated with each other and theircausal relationships. We also explicitly consider both intrinsic noise andmeasurement error. Markov chain Monte Carlo is implemented for statisticalinference. We demonstrate that this hierarchical modeling can effectively poolinformation from different interventional experiments through simulationstudies and real data analysis.
机译:最近的技术进步使在单个细胞水平上同时测量多种蛋白质活性成为可能。利用在不同刺激或抑制条件下收集的此类数据,有可能从单细胞干预数据中推断蛋白质之间的因果关系。在本文中,我们提出了一种贝叶斯层次建模框架,该模型基于模型中参数的后验分布来推断信号传导途径。在此框架下,我们考虑网络稀疏性,并在所有实验的整体水平和每个单独的实验水平上对两种蛋白质之间关联的存在进行建模。这允许我们推断彼此相关的蛋白质对及其因果关系。我们还明确考虑了固有噪声和测量误差。马尔可夫链蒙特卡洛用于统计推断。我们证明了这种分层建模可以通过仿真研究和真实数据分析有效地汇集来自不同干预实验的信息。

著录项

  • 作者

    Luo, Ruiyan; Zhao, Hongyu;

  • 作者单位
  • 年度 2011
  • 总页数
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种
  • 中图分类

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